Сломив нестройное сопротивление врага сразу за крепостными стенами, русские штурмовые роты неожиданно наткнулись на новое препятствие на своем пути к полной победе. Как всякий среднеазиатский город, Ходжент имел вторую внутреннюю стену, за которой успела укрыться половина кокандского гарнизона, явно не собирающаяся сдаваться на милость победителя. Об этом свидетельствовал хаотичный оружейный огонь со стен цитадели по русским солдатам, становившийся с каждой новой минутой все организованней и злее.
Капитан Михайловский, чья колонна первая вышла к воротам цитадели, с большим нетерпением дождался той минуты, когда сюда будут доставлены пушки и зарядные ящики и можно будет начать бомбардировку противника. Старые, оббитые толстыми листами железа ворота цитадели, не смогли долго противостоять русским ядрам и бомбам. Не прошло и получаса, как они рухнули на землю, открывая дорогу рвущимся к победе орлам генерала Перовского.
Загнанный в угол гарнизон, оказал бешеное сопротивление. Каждый дом, каждую улицу и перекресток ходжентской цитадели приходилось брать с боем, оставляя после себя только одни трупы. Разъяренные отчаянным сопротивлением врага, штурмовики в свою очередь не проявляли жалости к защитникам Ходжента, платя смертью за смерть. Лишь только к вечеру затихла перепалка яростной стрельбы, время от времени продолжая нарушать тишину одиночными выстрелами.
При защите Ходжента кокандцы потеряли до трех с половиной тысяч убитыми, чьи тела приходилось хоронить в течение недели, тогда как потери Перовского составили сто тридцать семь убитых и раненых.
С падением Ходжента путь на Коканд армии Перовского был открыт, но в этот момент в дело неожиданно вмешалась третья сила в лице бухарцев. Возможно, правитель Бухары просто хотел напомнить русским о своем присутствии или хотел нанести коварный удар в спину, что для жителей востока вполне обычное занятие. Так или иначе, но уже на второй день после взятия Ходжента пришли тревожные вести.
Казачий патруль, что нес боевой охранение, доложил генералу Перовскому, что южнее русского лагеря у крепости Ура-Тюбе замечено большое количество бухарцев, представляющих большую опасность для русских войск.
Поскольку крепость Ура-Тюбе располагалась в предгорье Заравшанских гор, надежно прикрывавших подступы к Гиндукушу, за которым уже находились британские владения и, желая полностью обезопасить свой тыл от возможного нападения противника, Перовский решил первым атаковать неприятеля. Это важное и ответственное дело, генерал поручил подполковнику Романовскому, а сам, полностью уверенный в своих силах двинулся к Коканду.
Противник внимательно следил за всеми передвижениями русских войск, совершенно не собираясь отсиживаться за стенами Коканда. 25 августа у селения Карочкум, кокандская конница атаковала авангард армии Перовского расположенного на биваке. Враг очень надеялся застать русских врасплох, однако часовые вовремя заметили приближение кокандских всадников, которые были встречены ружейными выстрелами и шеренгой стальных штыков.
Нападение было отбито с большим уроном для неприятеля. Но, как только русские снялись с бивака и продолжили путь, так кокандцы вновь атаковали их. Используя своё численное превосходство, враг стремительно атаковал со всех сторон, намереваясь отсечь русскую кавалерию от пехоты, которую кокандские всадники гораздо меньше опасались. Завязалась ожесточенная схватка, в которой победителем вновь вышли соколы майора Колпаковского, активно поддержанные огнем ракетных станков, развернутых по приказу подполковника Лерхе.
Преследуя отступающего врага, русские солдаты подошли к берегу Сырдарьи, где находилась крепость Мархам. Едва только были собраны все силы армии, генерал Перовский отдал приказ о подготовке штурма вражеского укрепления. Сразу были развернуты двенадцать орудий, из которых начался обстрел Мархама.
Из амбразур крепости кокандцы немедленно открыли ответный огонь, но хорошо пристрелянные орудийные расчеты быстро заставили замолчать вражеские орудия. Как только крепостная артиллерия была приведена к молчанию, был дан сигнал к атаке, и два штурмовых батальона под командованием полковника Григорьева устремились вперед.
Укрывшись за каменными зубцами крепостной стены, кокандцы вели непрерывный ружейный огонь, от чего многие из русских солдат падали убитыми или ранеными. Однако это не остановило штурмующих, которые под громкие крики "Ура!", стремительно набегали на вражеское укрепление. Сходу преодолев ров заполненный водой, солдаты штурмовой роты под руководством штабс-капитана Федорова бросились к воротам, взломали их и ворвались в крепость. Вслед за ними, ворвались и другие штурмовые соединения.
На стенах и внутри крепости сразу завязалась рукопашная схватка, но, не выдержав жестокого и беспощадного штыкового боя, кокандцы были вынуждены отступить, оставив победителям свои пушки, которых как оказалось потом, было двадцать четыре орудия. Батальон майора Ренау быстро очистил фасы крепости и, не дожидаясь подхода главных сил, стал обстреливать отступающих к реке кокандцев. Бросая оружие и амуницию, враг стремительно отступал, оставляя Мархам победителям.
Вместе с пехотой, в штурме крепости приняла участие и русская кавалерия, противником которой вновь стали уже неоднократно потрепанные кокандские всадники. Скопившиеся на правом фланге русских войск, они попытались своей атакой сорвать штурм Мархама, но были быстро рассеяны русскими артиллеристами.
Заметив приближение врага, штабс-капитан Фролов смело выдвинул вперед несколько ракетных станков, огнем которых вызвал панику и замешательство в рядах нападавших. Воспользовавшись заминкой во вражеских рядах, ротмистр Крымов смело атаковал противника и обратил кокандцев в бегство.
Разгоряченный одержанной победой, Крымов устремился во фланг отступающего противника, желая полностью разгромить его. Оставив полусотню казаков для прикрытия артиллеристов, ротмистр быстро подошел к махрамским садам, перейдя широкий и глубокий овраг. В это время со стороны Сырдарьи показались толпы отступающих из крепости кокандцев с орудиями и значками.
Не раздумывая ни одного мгновения, Крымов приказал атаковать огромную толпу противника и первым врубился в средину кокандской пехоты. Этот смелый налет моментально вызвал сильнейшую панику в рядах солдат противника, которые, не оказав никакого сопротивления, обратились в беспорядочное бегство.
Казаки Крымова преследовали бегущих кокандцев на протяжении десяти верст, безжалостно рубя неприятельских воинов. От полного истребления кокандцев спасло появление нового большого отряда с пушками и ружьями. Крымов вовремя оценил изменение в положении дел и, дав по врагу несколько выстрелов, благоразумно отступил. У кокандцев было не менее семи тысяч человек, а люди и лошади у русских были сильно утомлены.